卓尼县历史悠久，早在新石器时期就有人类居住。

　　夏、商、周时期，卓尼属雍州之域。

　　春秋战国时期，卓尼为秦地。

　　秦始皇统一全国后，分天下为36郡，县境归陇西郡所辖，属临洮县地。

　　西汉武帝时，划全国为13部、103郡、1314县，县境归凉州刺史部属下陇西郡所辖，仍属临洮县地。

　　东汉时仍属凉州刺史部陇西郡临洮县所辖。章帝建初二年(77年)，居于松茂诸地的烧当羌由望曲谷、洮源漒川出兵两路，包围南部都尉于临洮。章帝遣车骑将军马防(马援之子)率兵出击，因临洮地险，车骑不便通行，加之羌兵占据洮水之险，马防无奈，退兵至今岷县梅川筑索西城，迁南部都尉及临洮县居此。安帝永初二年(108年)，当煎、勒姐羌攻破羌县(今青海省碾伯县)，钟羌复出望曲谷，沿洮水长驱直入，攻没临洮县。顺帝永建元年(126年)，马贤(马防之子)与钟羌战于临洮，钟羌降，洮西尽复。阳嘉二年(133年)仍于秦临洮故县址置临洮郡临洮县及陇西南部都尉。

　　三国分鼎，县境初属魏雍州之地，仍设陇西郡及洮阳县，旋改为秦州陇右郡临洮县。魏雍、秦州为了巩固边防，又于洮水北岸设洮阳(疑今牛头城)、候和二戍。县境洮水南岸迭山，即为魏国秦州与蜀国益州银平郡之界山。两国间的许多拉锯战争就是在此地展开的。蜀汉景耀末年，姜维越今扎尕那出卡车沟占领魏临洮郡治，攻洮阳，与魏将邓艾战于候和。姜维不胜，由原路退屯沓中(今舟曲县境内)。

　　晋一统三国，分全国为19州、173郡、1190县，县境大部分为秦州陇西郡临洮县辖地。晋惠帝时，改易郡县，县境大部属狄道郡洮阳县辖。东晋时，吐谷浑占据了整个洮西地区，在洮水两岸修筑了很多土城堡戍守。有泥和戍、洮阳城、候和城(即《水经注》中说的洪和城)，与之同时，原晋置临洮郡县相继沦陷，县境大部被吐谷浑政权控制。

　　十六国时期，地方军阀割据纷争，县境朝秦暮楚，置废无常。县境东北部归前赵陇西郡临洮县辖领，西北部仍由吐谷浑占据。

　　前秦时，县境属河州陇西郡临洮县辖领，西南大部仍属吐谷浑政权领地。后秦未收复洮西诸地，仍于原秦故城设临洮县，收洮阳、洪和诸地。

　　前凉时，县境属秦州陇西郡统属。后凉时，县境部分地域属陇西郡临洮县辖。

　　南凉时，县境仍归陇西郡临洮县属。

　　南北朝北魏太平真君时期，县境归河州辖领，于原临洮县治设临洮郡，领县泛潭，郡县同治，统领县境洮水流域。太和中(477—499)，吐谷浑于境内又重修洮阳、泥和诸城戍守，于原临洮郡城设洮州。

　　北周改西魏泛潭县为临潭县，并于县治置洮阳郡，兼置洮州，并在吐谷浑迷和城附近设旭州。

　　隋代，域内一统，州、县废置频繁。初废洮、旭二州，改洮阳郡为临洮郡，郡治美相县，领11县，在今县境周围就有美相、临潭(本名泛潭，废址在今卓尼县喀尔钦乡羊巴村)、博陵(今羊永)、宁人(今卓尼县城附近)等县。后又将博陵、宁人二县合并为当夷县(今临潭新城)。

　　唐代，分天下为十道，以道统州，以州辖县。卓尼县境属陇右道所辖。高祖武德元年(618年)废隋临潭故县，复置博陵郡。二年于美相置洮州。太宗贞观二年(628年)徙洮州及美相治于洪和城;贞观五年仍改原美相县为临潭，洮州仍治于洪和城;八年徙洮州治于洮阳川(疑今牛头城)，置洮阳城。仍于旧洪和城置美相县，隶洮州。开元十七年(729年)废洮州并入岷州，于原州西磨禅川置神策军镇守(今迭当什村有遗址)。玄宗开元二十年以临潭置临州，二十七年复改为洮州。天宝元年(742年)又改为临洮郡，领临潭(郡县同治)、密恭、美相诸县及安西府。肃宗乾元元年(758年)又改临洮郡为洮州，仍治临潭。这一年整个洮西地域均陷于吐蕃。州县俱废，县境均属吐蕃统领。

　　五代时期共历53年，县境仍属吐蕃。后来吐蕃因内乱而分裂，大小部落互不统属，形成割据局面。后唐明宗长兴四年(933年)，朝廷利用洮州地区蕃汉民众思慕华夏统一的有利时机，派重兵收复洮西，升洮州为保顺军，并以保大军节度，旋即又失。

　　宋代初期仍袭唐制，至宋太宗至道三年(997年)始分全国为15路，分领府、州、军、监。神宗熙宁六年(1073年)收复洮西，于今临潭县治旧城设洮州，县境属之，隶熙河路。旋即弃之不守。熙宁九年，又于今县境东部设滔山监，辖今岷县以西及县境东部地区。徽宗大观二年(1108年)又收复洮西，仍设洮州。三年升洮州为团练州，县境属之。北宋时县境除数年归宋辖领外，均属吐蕃角厮啰政权统治。

　　金代，分天下置19路，县境属其临洮路洮州所辖。

　　元代在全国设行中书省，行省下设路、府、州、县。元初县境为总制院辖地，隶属于吐蕃等处宣慰司脱思麻路洮州所领。至元二十五年(1288年)改总制院为宣政院，县境大部改属河州路洮州可当县辖地。县境东南边缘的西尼沟等处属岷州;东部的洮砚等处归铁州;藏巴哇一沟则属于陕西行省巩昌路临洮府狄道县赵土司所辖，赵曾于此设上、中、下三砦分土兵。

　　明代改行省为布政使司，下领府、州、县。洪武四年(1371年)置洮州军民千户所，县境地域均属之，后于洪武十二年升所建卫，隶陕西都司。又于岷州设洮岷兵备道，兼分巡道，统洮、岷二卫及西固、阶、文三千户所，漳、成二县军务。时县境分属卓尼、旧洮堡二寨。明永乐十六年(1418年)，朝廷授卓尼吐蕃后裔头人些地为土官指挥佥事，管理部分番族部落。正德四年(1509年)些地玄孙旺秀入朝，皇帝赐姓名为杨洪，仍袭职土官指挥佥事，准卓尼建置军民千户所，实授土千户(《明实录》)，准其世袭，隶属洮州卫，由陕西都司巩昌府所辖。

　　清代，乾隆时改卫为厅，土司仍沿明制。至道光二十年(1840年)时，卓尼土司辖境除今县境外，还有今迭部全境，舟曲、临潭、岷县部分辖地。东至岷州归安里，南至阶、文、西固及四川松潘，西至洮州作盖，北至河州边墙关隘。有16掌尕，48旗，520族，15000户，近10万人。

　　中华民国于1912年建立，1913年废府、州、厅建置，代之以省、道、县制。甘肃省政府作出了取缔土司制度的决定，县境归临潭县统领。但此时的卓尼土司，至清道光朝以来，已拥有大半个365体育备用网站_365彩票下载1.0.0老版本_和365差不多的平台有哪些的辖地，不仅使当时的临潭县无法统驭，即就是民国政府改土归流的政策也未动摇土司的统治地位。1932年，改土司衙门机构为洮岷路保安司令部(军政合一机构)。1937年，“博峪事变”爆发，卓尼设治局成立，县境进入“流”(设治局)“土”(保安司令部)并存的过渡性政权形式。1944年北山事件中，洮岷路保安司令部接受整编，设治局力量得以加强。第一个非土司制的国家行政建置始在卓尼立足，与兼理军政之洮岷路保安司令部并驾齐驱，隶属于甘肃省第一行政督察区，专员公署设于岷县。

　　中华人民共和国于1949年10月1日成立。成立前夕的9月11日，国民党洮岷路保安司令杨复兴率卓尼党、政、军、警起义，实现了和平解放。于9月14日成立军事管制委员会，接管卓尼设治局、国民党卓尼党部、三青团区队部和参议会等机构。1950年10月1日，中国共产党卓尼自治区工作委员会和卓尼自治区行政委员会成立，隶属甘肃省岷县专区。同时，杨复兴宣布在卓尼废除土司制度。1953年10月1日，成立卓尼县，隶属甘肃省365体育备用网站_365彩票下载1.0.0老版本_和365差不多的平台有哪些藏族自治州。1958年12月31日，卓尼与临潭合并，撤销卓尼县建置，称临潭县，治所设旧城。1961年12月25日，国务院决定恢复卓尼县建置。